NPO法人にも法人税の納税義務があります。NPO法では、NPO法人の法人税等の取扱いについては公益法人等とみなすとされており、法人税法別表第二に記載される公益法人等と同様に、収益事業のみ法人税が課税されます。NPO法人の事業が収益事業に該当するか否かの判断は、法人税法が定める34業種のいずれかの事業に該当し、その事業を継続的、かつ事業場を設けて行っている場合に、収益事業とされます。
このことはNPO法人が定款に定める特定非営利活動を行っている場合においても、それが収益事業に該当する限り、法人税が課税されることを意味します。